Khaled Cheikh Mohammed: alias «KSM» (ses initiales en anglais). Ce Koweïtien d'origine pakistanaise de 44 ans a été éduqué aux États-Unis. Il a déclaré, selon le Pentagone, avoir été l'architecte en chef du complot du 11 septembre 2001, ainsi que d'une trentaine d'autres attentats ou projets. Il a consacré sa vie au jihad anti-occidental. Ramzi ben al-Shaiba: co-locataire à Hambourg de Mohammed Atta, le chef du commando du 11-Septembre, ce Yéménite de 37 ans a été entraîné dans les camps d'Al-Qaeda en Afghanistan. Selon l'accusation, il devait participer à l'opération mais n'a pu obtenir de visa pour les États-Unis.

Ali Abd al-Aziz Ali: neveu de Khaled Cheikh Mohammed et cousin de Ramzi Youssef, auteur de l'attentat contre le World Trade Center en 1993, ce Pakistanais d'une trentaine d'années élevé au Koweït a fait du jihad anti-occidental une tradition familiale. Il est accusé d'avoir participé à l'organisation logistique de l'opération du 11 septembre 2001.

Wallid ben Attash: né en Arabie saoudite d'une famille originaire du Yémen, il est accusé d'avoir participé aux repérages pour les attentats. Le gouvernement américain soupçonne cet homme d'environ 30 ans d'avoir aussi été le principal instigateur de l'attentat contre le destroyer américain Cole, qui a tué 17 marins américains sur la côte du Yémen en octobre 2000.

Mustapha al-Hawsawi: ce Saoudien de 41 ans est accusé d'avoir été le financier d'Al-Qaeda, lors des premières années de l'organisation. Selon l'accusation, il a organisé et centralisé le financement du 11-Septembre, notamment en expédiant aux pirates de l'air les fonds qui leur ont permis de payer leur hébergement et leurs cours de pilotage.