Certaines maladies, comme la lèpre, ne sont toutefois pas affectées.

Ils ont cependant découvert que la relation ne tient que pour les pays où ce type de consanguinité est relativement fréquent, comme par exemple l'Inde, où 6% des mariages sont conclus entre individus ayant un lien de parenté égal ou supérieur à des cousins de deuxième degré. En Italie, où seulement 1% de la population a ce type de profil, la consanguinité n'a pas d'effet mesurable sur le système immunitaire.

Auparavant, des études avaient montré que le risque de maladie cardiovasculaire congénitale augmentait avec les mariages de cousins au premier degré en Arabie saoudite, et la sclérose en plaque avec la consanguinité des parents dans l'île écossaise d'Orkney. Par contre, une étude auprès d'Arabes israéliens ne trouvait pas d'impact de la consanguinité sur le diabète, l'asthme, les ulcères et les infarctus.